از مهم‌ترین مباحث نفس‌شناسی، پیدایش نفس و استکمال آن است. ملاصدرا با استفاده از اصول فلسفی خاص خود مانند اصالت وجود، تشکیک آن و حرکت جوهری و حرکت ذات ماده، سیر استکمالی نفس از ماده به تجرد، مراتب نفس و اتحاد نفس و بدن و قوا را حل کرد. وی پیدایش نفس را جسمانی و بقای آن را روحانی دانسته، بر اساس اصل حرکت جوهری برخلاف پیشینیان خود که فقط حرکت در اعراض را میپذیرفتند، حرکت در جوهر اشیا را اثبات می‌کند.
پژوهش حاضر، به روش توصیفی- تحلیلی از منظر ملاصدرا به این نتیجه رسیده که ماده جسمانی بر اثر حرکت جوهری خویش مراتب کمالی وجود را طی می‌کند؛ یعنی هرچه را که در او بالقوه است، به بالفعل تبدیل می‌کند تا به مرز ماده و تجرد برسد. سپس در ادامه حرکت، از عالم ماده می‌گذرد و در مراتب طولی وجود تکامل می‌یابد. این استکمال، نفس را به تدریج به تجرد نزدیک می‌کند و در مرحله کمال خود برای بقا، نیازمند جسم نیست. سعه وجودی نفس با سعه علم آن همراه است و در سیر استکمال ذاتی، با عقل مجرد متحد می‌شود.
)